Früher gab es bei Eclipse die Möglichkeit über Help -> Update Software -> Manage Configuration alte Plugins zu deinstallieren.
Dieser Menüpunkt wurde nun entfernt und der Weg zur Deinstallation wurde ein wenig verschlungener:
Über Help -> About Eclipse SDK -> Installation Details (unten links)

About Eclipse SDK

Unter dem Reiter Installed Software kann man die installierten Plugins einsehen.

Installed Software

Wenn man das gewünschte Plugin ausgewählt hat, werden im unteren Teil des Fensters die Button Update und Uninstall eingeblendet einfach die gewünschte Aktion auswählen und schon ist das Plugin deinstalliert bzw. aktualisiert.